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故事的主人公是高中生偵探——工藤新一
在一次與他的青梅竹馬毛利蘭到游樂場約會的時候，新一看到兩個黑衣人進行非法交易，因為看的太入神。而被另一個黑衣人從後面擊昏。那人乘機給他喂下犯罪組織新研制出來的毒藥。結果新一雖然幸運的沒有死，可是當他醒過來的時候居然變成了小孩的模樣。
如果讓黑社會組織知道新一還活著，就又會招來殺身之禍，也會連累到身邊的人，所以新一只把事情告訴了鄰居阿笠博士。為了得到黑社會組織的情報，新一謊稱自己是阿笠博士的遠房親戚『江戶川柯南』，在博士的幫助下成功的瞞過了小蘭並且寄宿到她家——毛利偵探事務所。
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柯南、新一簡介 |
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本故事真正的主角，東京市米花小學一年級學生，在縮小後不斷追逐黑暗組織的足跡。現寄住在毛利家，為了得到黑暗組織的情報，他暗中幫助毛利小五郎破案，使其成了一個名偵探。而且和同學吉田布美、灰原哀、圓谷光彥和小鳩元太組成了『少年偵探團』，破獲了不少案件。但縮小後身體素質縮水，必須依靠各種工具來抓捕犯人。 |
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毛利蘭簡介 |
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小蘭是故事裡的女主角，新一的青梅竹馬，和新一是同班同學，對他有著超越一般朋友的感情但又不願承認。而另一方面，由於父母分居，很早就擔起理家的任務，對家事很在行。沒有她，小五郎和柯南也許會餓死的。最大的願望是父母和好。她對空手道有著濃厚的興趣，還曾經獲得東京空手道大會的冠軍。 |
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毛利小五郎簡介 |
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小蘭的父親，職業是偵探，推理能力奇差，自行推理出的案件約不到十件，大多都由柯南的暗示纔得以破解。所以每回柯南都把他麻醉後再用他的聲音揭破案件的真相，所以大家送這位毛利偵探一個『沈睡的小五郎』的名號。他原來是一名優秀的警局刑警，和目暮十三是同事，後來因為一起事件而辭職，改行當私人偵探 |
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